注销香港公司的方式可分为两种——自动注销、合法注销。通常建议通过合法注销来结束香港公司经营。虽然合法注销虽然手续繁琐、要求较高，但由于其注销流程的合法性，使得该香港公司不会留下任何污点，也不会给公司董事和股东带来任何负面影响，香港公司原董事和股东仍然与正常公民一样，享受法律规定的所有权益和利益，因此是最好的公司注销方式。
具体的注销方式如下：
1、合法注销
香港公司合法注销要求是最严格的一种，但正是由于要求最严格，因此法律风险也最小。正常注销一家香港公司，需要提交很多资料：
税务局局长发出的“不反对撤销意见书”；
香港公司上一年度审计报告；
所有香港公司股东签署的“同意香港公司注销决议书”等。
而这些材料的取得，就要求香港公司一直依照香港法律，进行香港公司年审、报税等维护工作。同时要注销香港公司，还需要该香港公司停止营业活动3个月及以上，并且没有未尽的债务关系和法律程序。
经过一段时间的公示，并没有人提出反对后，该香港公司才能撤销注册。但由于该香港公司在注销过程中已证明没有未尽事宜，因此该香港公司董事通常不会受到任何影响。
2、自动注销
香港作为离岸金融中心，对所辖的公司行政活动最主要的监控手段，就是每年必须进行的年审和报税。如果香港公司不打算继续经营，又不进行合法程序注销该公司，香港注册处和税务局就依然认为该公司继续经营。
这时，如果该香港公司不按照法律要求每年进行年审和报税，就会被视为违反香港法律而进行罚款，严重的还会被香港政府部门控告。同时这些罚款会不断累加。若一直不理会，最终会导致香港公司被强制清盘注销，同时补缴年审费用及累计的罚款，公司的董事也会被香港政府列入黑名单。