在香港注册公司与国内注册公司的根本区别在于以下几点：
1.公司名称
香港公司：起名自由，香港政府允许公司名称含有国际、集团、控股、实业、投资、学院、协会、基金会、研究所等字眼，公司名称前还能任意加上自己喜欢的国家或地区名字。
国内公司：必须以所在城市名称起首，容易受地域发展限制，固定的格式：地区+名字+行业+公司性质(地区位置可变动）
2.注册资金
香港公司：注册资金不需要验资到位，最低1万港币，办理成本低，时间快，操作简单。
国内公司：注册资金需验资到位，对注册资金虽然有放松要求，但也有规定期限到位注册资金。
3.办公地址
香港公司：注册之后可不在香港实地办公。
国内公司：注册必须要有商务楼的办公室，特别像进出口公司的，政府1年还会来检查几次，存在租金问题。
4.雇用员工
香港公司：注册之后，不用在香港实地办公，可不用去雇用员工。
国内公司：因为需要实地的办公，租了办公室后，雇用员工的问题也将成为一个重要的成本支出。
5.贸易要求
国内公司：国内注册有自营进出口权的企业，注册资本需要在50万元以上，否则进出口的时候还要委托工厂或外贸代理
香港公司：无任何管制，直接自由贸易，轻松开公司外币帐户，不受外汇管制轻松收外币。
6.税务问题
香港公司：税种少，税率低，没有增值税和营业税，主要的税种就是利得税（相当于国内所得税，16.5%的税率）。而且税制适用的是“地域来源征税的原则”，也就是说，业务不在当地运作，利润是来源于海外，可以申请政府豁免利得税。除了说可以免税以外，香港公司的报税周期也跟大陆不同，是成立公司后第一次18个月报税，以后是1年1次，时间非常长。
国内公司：有营业额就要交税，税赋比较重，税种多，有增值税、营业税和所得税，所得税这块的报税1个月就要做1次，而且有利润的马上要交税。所得税25%税率非常高。
7.账户的性质
香港公司：其本身是境外公司，所以开设的账户不管是大陆离岸帐户还是香港本地账户，都不受大陆外汇管制的境外账户性质，接收周转外汇自由，无汇率差。
国内公司：只有外贸公司可能接收外汇，转入国内公司账户相当于境外外汇入境，国内企业可以去办理核销和退税。如有资金需转到境外，也能直接转出，不用外管局审批。