深圳海关分一线海关和二线海关。一线海关指申报之后直接可以出境的海关。而二线海关指申报之后必须再通过一线海关再报关才能出口的海关。

深圳海关共有七个一线海关： 大鹏海关、蛇口海关、机场海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关、深圳湾海关。其中蛇口海关又包括以下几个码头；SCT （SHEKOU）、 赤湾（CHIWAN）、妈湾 （MAWAN ）、东角头（进口码头）、大铲湾暂时也归蛇口海关。

一线海关当中又分为船运海关、空运海关和陆运海关。船运海关：大鹏海关和蛇口海关；空港海关：机场海关；中港拖车陆运海关：文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关 、深圳湾海关。

二线海关如笋岗海关、福田保税区海关等。盐田的怡和仓、力又仓库，保开仓库，中天元物流仓库，新兴仓库，中建投物流仓库、嘉利仓、佐川仓、马士基物流等仓库直接向大鹏海关申报。湖北仓、梅园仓、金云达仓等海关监管仓库向笋岗海关申报。

深圳海关报关作业时间

常用海关为大鹏海关、蛇口海关、文锦渡海关、皇岗海关、深圳湾海关、笋岗海关、机场海关，以七个个海关为主。

1.各口岸海关的报关作业时间

大鹏海关、蛇口海关、笋岗海关的作业时间为：周一到周五朝九晚五，周六、周日安排人值班。平常的工作时间约9：30才开始，下午4：30左右已经不接单了。周六周日更晚一些。盐田和蛇口的货柜可以24小时进出。笋岗仓的进出时间为上午8：00-到晚上5：00，收货时间可以稍晚一些。

文锦渡海关的作业时间为：上午9：00-晚7：30，文锦渡的过境时间可以到晚上10：00。
皇岗海关的作业时间为： 上午9：30-晚9：00，皇岗的空车可以24小时过境。装货车也要在晚上10：00之前出关。

机场海关的作业时间为：周一到周五是上午9点到下午6点，一般是9:30到5:30的样子，周六、周日上午9点到下午4:30，一般是9:30到下午4点。

2.各口岸通关时间。

大鹏海关、蛇口海关、笋岗海关及机场海关的通关时间约为半天，即正常情况之下半天可以报关出来，特殊情况下不应该超过一天。如遇查柜，另加一天。也就是说正常情况下，报关应预留两天时间。另请注意：下雨天不查柜。文锦渡、皇岗口岸的通关时间约为1小时。

深圳海关周末可以清关