同一人注册国内公司和香港公司通常不会有问题，但需要注意以下几点以避免潜在的复杂情况：

公司名称：尽管香港公司名字可以与内地公司相同，但为了规避银行开户时可能的混淆，建议两者在名称上有所区别。这可以避免银行在处理开户申请时的识别难题，确保业务操作的顺畅。

银行开户：如果香港公司希望在国内银行开设NRA（Non-Resident Account）账户，可能会遇到因名称重复而被拒绝的情况，因为国内银行系统通常不允许同一名称的公司存在。因此，确保名称的独特性对两地公司的银行账户管理至关重要。

税务和关联交易：如果国内公司和香港公司没有股权关联但有实质性的关联交易，可能引起税务机关的注意。这种情况下的税务处理需要特别谨慎，可能涉及复杂的税务规划，以确保符合税法要求并避免不必要的税务风险。

业务操作和监管合规：确保两地公司的业务活动符合各自地区的法律法规要求，特别是在进出口、外汇管理和税务申报方面。香港作为国际金融中心，其监管环境与内地不同，因此在操作时需考虑这些差异。

股权架构和透明度：如果两地公司之间有股权关系或实际控制人相同，应确保这种关系的透明度，以便在必要时能够提供合理的解释，避免被误解为逃避监管或税收的行为。