大陆人并非不能注册台湾公司，但在实际操作中会面临严格的“陆资”认定和行业限制。如果处理不当，不仅可能被驳回申请、处以高额罚款，甚至可能承担刑事责任。

严格的法律身份认定
大陆人在台湾注册的公司，会被直接归为“陆资”。这不仅指大陆自然人直接去注册，也包括绕道第三地的公司，如果这些公司的大陆资本超过30%，或大陆股东具有实际控制力，同样会被认定为“陆资”。

“正面清单”行业准入限制
与对外资开放的“负面清单”不同，陆资企业只能投资台湾政府定期公告的“正面清单”内项目，不在清单上的行业一律禁止或严格限制。

繁杂的事前许可和申报程序
如果计划投资的行业在清单内，流程也相当繁琐：
必须事先申请：投资前必须向台湾经济部投资审议司申请许可，不能像外资那样“先上车后补票”
需穿透申报：必须穿透到最终自然人股东，提供完整的股权架构，证明大陆资本的实际比例。
投资后需备查：实收资本达8000万新台币以上的企业，每年需提交会计师签证的财务报表备查。

高额的违法风险与惩罚
如果未经许可以“人头”、“外资”等名义暗中经营，一旦被发现，将面临严重后果：
高额罚款：公司可能被处以新台币12万元至2500万元的罚款。
刑事责任：严重违规的相关负责人，可能面临最高3年有期徒刑，或1500万元以下的罚金。
强制撤销：公司登记可能被撤销，并被勒令停止一切业务活动。